Es verdad que hay algunos scripts escritos en perl que no corren en windows, pero te lo especifican. Algunas funciones no están, pero la mayoría corren sin problemas aunque estén inicialmente escritos inidcando que los instales en un servidor unix y no windows
dices que tienes apache y perl para windows, pues tienes que poder correr la mayoría de cgis en tu máquina (aunque especifique que los subas a unix). Otra cosa es que tengas problemas de configuración, falta de librerías para un cgi concreto,etc. (me parece...)
¿te funciona el servidor?