Sip,
puedes añadir posición top y posición left:
<a href="tuenlace.htm" target="tutarget" onClick="window.open('tupaginaenpopup. htm','nombredelpopup','scrollbars=yes,width=200,he ight=200
,top=150,left=200')"> Enlace </a>
Eso hará que la esquina superior izquierda de tu ventana popup se abra a 150pixels desde la parte superior y a 200 pixels desde la izquierda.
Si quieres que se abra siempre centrada dímelo
