Hola slumber,
Si te he entendido bien, puedes hacerlo así:
<a href="tuenlace.htm" target="tutarget" onClick="window.open('tupaginaenpopup.htm','nombre delpopup','scrollbars=yes,width=200,height=200')"> Enlace </a>
Muevo tu pregunta al foro de javascript que es donde pertenece
un saludo