Proba reemplazando por esto:
Código PHP:
echo"<a href='javascript:recargar('\"".$nuevaRuta."\"')'>";
//despues de la primer "\" son dos comillas simples
//proba con esta linea tambien (reemplazala)
echo "<img src='iconos/dir.png' alt='Directorio' border='0'>";
Y chequea bien si en esta linea la ultima barra no va al reves
Código PHP:
$nuevaRuta=$_POST["rutaParaLeer"].$contenido."/"
;
Suerte!