Prueba con este código:
Código PHP:
$listado = array('001', '002', '003', '001', '002');
$indices = array_flip($listado);
$totales = array();
foreach($indices as $key => $value)
{
$i=0;
foreach($listado as $valor)
{
if($valor == $key)
$i++;
}
$totales[$key] = $i;
}
var_dump($totales);
Saludos!