Organizar mis páginas web

[tuatara]

Hola!
Quería saber como organizar las páginas de mi web, las he puesto divididas en carpetas ( Alimentación, Artículos...) y éstas a su vez en una carpeta con el nombre de mi dominio, pero no se me veían, solo la pagina index, que la puse fuera de esta carpeta.

A su vez en las carpetas ( Alimentación, Artículos...) metí las páginas propiamente dichas (.htm), y éstas carpetas las he puesto esta vez como si fueran individuales ( sin la carpeta global del dominio como antes ), pero solo se ve la index.htm y algunos links funcionan y otros no, en los que no funcionan me sale una página que dice "not found" in this web serve: midominio

Me he vuelto loco revisando la web a ver si estaba todo ok, y sí lo está.

En qué fallo? Ahh otra cosa, las páginas las meto en el servidor en una carpeta predeterminada que pone httpdocs o algo así.

Gracias! Ayuda porfaaa