Hola:
Los confirm son ventanas modales (de las de verdad), y como dices detienen el flujo de datos hasta recibir una respuesta, cosa que con simulaciones no es posible... pero si insistes en esa simulación, tienes que poner return true en el botón aceptar y return false en el cancelar... y lo del flujo se salta fácilmente...
Saludos
