Hola,
Depende de la forma en que creaste el jar. Si usaste un IDE, debe tener alguna forma para incluirlo, NetBeans incluye cualquier archivo que esté dentro de /src.
Si lo hiciste manualmente, el programa jar te deja crear archivos .jar, agregar otros archivos nuevos o eliminar los existentes.
Código:
C:\Documents and Settings\User1>jar
Uso: jar {ctxui}[vfm0Me] [archivo-jar] [archivo-manifiesto] [punto-entrada] [-C dir] archivos...
Opciones:
-c crear archivo de almacenamiento
...
-u actualizar archivo de almacenamiento existente
...
Saludos,
ps:
Para escuchar los archivos .wav después de haber sido incluidos dentro de un jar es otra historia.