Problema al Consultar datos de varias tablas

[Chikozulia]

Haber amigo, no soy muy experto en esto, pero prueba esto haber que tal:

crea una variable que tome el valor de la matricula a consultar ejemplo

$mat="1";
$Buscar = "Select * from Estudiantes, Evaluaciones, Horarios, Materias where Estudiantes.Matricula=$mat and Evaluaciones.Matricula=$mat and Horarios.Matricula=$mat and Materias.Matricula=$mat";

ese codigo deberia funcionarte, ya que lo que entiendo del mensaje es que, el campo Matricula existe en mas de una tabla, y tienes que especificarle en cual de esas tablas vas a consultar, con eso le especificamos las tablas y campos a consultar.