El helper:
var $helpers = array('Html','Ajax','Javascript'); , no carga los archivos javascript (archivo.js) que se encuentran en la carpeta "webroot/js" sino carga las librerias para poder usar la ayuda de cakePHP con javascript
Un helper de CakePHP es una libreria de cake , por ejemplo el helper HTML te permite hacer un link de esta manera
Html->link('link a google', 'www.google.com.ar')
en lugar de hacerlo de esta manera
<a href="www.google.com.ar">link a google</a>
los mismo pasa con javascript , te permite llamar funciones de javascript de otra manera, pero no carga las librerias javascript que se encuantran en la carpeta webroot/js, para cargar las librerias js si hay que hacer :
echo $javascript->link('prototype');