He probado tu código, si me funciona. En el manual de referencia dice que la forma correcta de recorrer sería:
while (false != ($elemento=readdir($dir))){
if ($elemento != "." && $elemento != ".." && $elemento != "index.php") {
echo "<tr><td><center><a href=".$elemento." target=_blank>".$elemento."</a></center></td></tr>\n";
}
}