a ver si comprendo tu duda. en un documento html alguien escribe un mensaje. luego, ese mensaje se integra en el mismo documento con javascript. pero debido a que el mensaje tiene salto de linea, evidentemente el navegador los considera como espacio. entonces, lo que necesitas es algo parecido a nl2br, convertir saltos de lineas a <br>. lo que deberias usar es expresiones regulares para detectar los saltos de lineas y reemplazarlos con <br> o <p>. si tienes duda sobre las expresiones regulares busca por terminos
javascript expresiones regulares y una referencia sobre el metodo
replace.