Hola
Veamos
a.js Cita: document.write("<script type='text/javascript' src='b.js'></script>");
function funcion() {
.....
b.js Cita: function funcion() {
.....
Ahora solo has de llamar a
a.js Cita: <html>
<head>
<script type="text/javascript" src="a.js"></script>
</head>
Suerte