hola .. puedes obtener las variables desde php y meterlas en tu función de javascript .. algo así como:
Código PHP:
$variable_php1 = "un valor";
$variable_php2 = "otro valor";
Código:
<script type="text/javascript" language="javascript">
variable1= '<?php echo $variable_php1;?>'
variable2 = '<?php echo $variable_php2;?>'
....
Espero te sirva .. salu2