ya lo he solucionado!
Probando, me he dado cuenta que un 80% de instaladores MSI no funcionaban, por lo cual era sospechoso. Ejecutandol Revo Uninstaller he visto que había restos en el Registro y en la carpeta "C:\Documents and Settings\Mi usuario\Datos de programa\Microsoft\Installer\" de las aplicaciones que dan problemas sus instaladores.
Por lo cual he eliminado esos restos y/o he desinstalado completamente la aplicaciones afectadas para volverlas a reinstalar.
No obstante creo que el problema, más que por las entradas del registro, era de los restos que deja al hacer una instalación en la carpeta :
C:\Documents and Settings\Mi usuario\Datos de programa\Microsoft\Installer\
un saludo