Bueno a ver muchachos... no sé cómo explicárselos, probablemente debería dejar que Daniel, RZB o HiAll lo hagan, pero... ya que estamos.
El PR es un factor más de los 200, sí. Creo que se están confundiendo el PR con todo el tema de los links entrantes. Repito, el PR simplemente calcula la cantidad de enlaces y la popularidad de los sitios que enlazan. Pero lo que realmente importa es la relevancia de esos links.
La relevancia está dada por qué tanto en común tienen las temáticas de las páginas enlazadas, la popularidad de las páginas (PR), los anchor text, la relevancia de las páginas mismas para las determinadas keys... y no se me ocurre ahora qué más...
Pero el punto es... no estamos diciendo que los enlaces no cuentan, estamos diciendo que el PR en sí, ya se quedó corto para determinar qué tanto peso tiene un sitio. Además el PR es muy global, Google hoy en día se enfoca mucho en la relatividad que ofrecen las distintas búsquedas. Sabemos que un sitio no posiciona igual para todas las palabras, por lo tanto el sistema para medir la importancia de un sitio debería corresponderse. Es así (me parece a mi) que nace este concepto de la relevancia.
Espero haber podido aclarar algo.