A ver.. en caso que puedas arreglar el index lo que podrias hacer es codificar una scrollbar que se comporte como una scroll del navegador , por ejemplo esta
http://www.ffiles.com/flash/user_int..._v_1_1499.html , asi cuando cargues archivos más altos podrás scrolear tus swf , no importando la altura de estos. es la unica solución que le encuentro no hay de otra, a codificar duro.