Aqui te doy la solucion:
entra a
www.net2ftp.com entras a tu cuent ftp normalmente, ahora ingresas al directorio principal y creas una carpeta, ahí presionas el botón
install, eso te instalará el script net2ftp en tu servidor, con ese script podras bajar los archivos en ZIP solo con seleccionar todo el contenido de una carpeta y lo bajas presionando
download todo via web.