En la página que procese ese formulario:
Código PHP:
foreach($_REQUEST['lista'] as $doc)
{
$sql="DELETE FROM tuTabla WHERE documento=$doc;";
mysql_query($sql);
}
o bien, para hacer sólo una consulta:
Código PHP:
$arrDocs=array();
foreach($_REQUEST['lista'] as $doc)
{
array_push($arrDocs, $doc);
}
$sql="DELETE FROM tuTabla WHERE documento IN (".join(", ", $arrDocs).");";
mysql_query($sql);
Todo eso siempre y cuando puedas garantizar que no tendrás dos registros con el mismo documento; si es así, directamente tendrías que cambiar tu formulario asociando los checkbox con un un campo único de tu tabla. Mejor aún si el documento es índice de la tabla (no autonumérico, obviamente). ¡Suerte!