Obtener posicion de un elemento

[Panino5001]

Podrías calcular la posición del elemento como comentás y ajustarla con los valores de scrollTop y scrollLeft del contenedor (propiedades que te dirán cúanto se desplazó el scroll).
No obstante, creo que lo mejor sería envolver tanto al elemento de referencia como al nuevo elemento dentro de una capa (div) con posición relativa, darle posición a absoluta al elemento que querés posicionar y jugar con sus estilos top y left, que en ese caso dependerán de la capa con posición relativa que mencionamos antes.