Ambos son adecuados. UTF-8 es más general, abarcando los caracteres necesarios no solamente para español sino para otros idiomas, por eso se usa más. De hecho, en UTF-8 se puede codificar cualquier caracter Unicode.
http://es.wikipedia.org/wiki/UTF-8 http://es.wikipedia.org/wiki/ISO-8859-1
El asunto no es que uno sea mejor que otro, sino que la codificación que uses sea la misma en:
1.- los archivos de tu plantilla
2.- los archivos php que generen salida html
3.- la base de datos (esta última es opcional, pero recomendable)
Fijate por aquí también:
http://www.forosdelweb.com/wiki/PHP:...#241;es%3F
Saludos.