Hola,
El proceso para compilar los servlets y empaquetar los jsp's en un .war se puede hacer completamente desde la consola, compilando los .java con 'javac' y empaquetando con 'jar', no necesitas nada más, solamente el JDK.
Pero compilar todos los .java, uno por uno con 'javac' es un proceso tardado y complicado. Entonces puedes usar
http://ant.apache.org/, instalarlo y ejecutar ant desde la consola para contruir el .war, 'ant' es un programa parecido a 'make'.
Para usar ant tienes que saber como estructurar los directorio y como crear un archivo build.xml con 'targets' para construir tu aplicación, tienes que saber bien la estructura de una aplicación J2EE, y tienes que saber usa bien todas las herramientas del JDK, así como 'ant'.
Saludos,
ps:
Mencionaba que ya viene en NetBeans solamente como un comentario adicional, pero no necesitas NetBeans para usar Apache Ant.