Hola,
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Iniciado por elxavier2009 
1)Como se acomodan las clases? Es decir, con el modelo-vista-controlador?
Si hablas de alguna especificación como 'web module' de J2EE no es necesario, las clases pueden estar en cualquier lugar una vez sean accesibles desde el web o fuera de el si son incluidas. Un archivo puede definir cualquier cantidad de clases públicas aunque se toma como adecuado crear un archivo (unidad de compilación) por cada clase. En este sentido conceptualmente se podría decir que se parece mas a C++ que a Java (un archivo una clase pública).
Muchos de los frameworks que he visto separan las clases en archivos en tres directorios diferentes, aunque no obligatoriamente,
- +models
- +views
- +controllers
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Iniciado por elxavier2009 2)Esta es una duda especifica, cuando hago una conexion en java, generalmente la hago con hibernate, pongo los datos de una base de datos con un select en un list que hace referencia a un objeto. Mi pregunta es, aqui con php, como se le asignan los valroes de la base de datos a las variables? ( Ya se lo de mysql_query, los $row y eso, quiero saber como se diseñan las clases donde iria todo eso).
Hibernate es un framework, y como todo framework depende de el mismo, Zend Framework lo va a realizar de una forma completamente diferente a CakePHP Framework. A mas que hagas tu propia capa de abstracción de base de datos entonces puedes crear clases que encapsule la funcionalidad a tu gusto. PHP está limitado en lo que respecta a Collecciones (List Interface), pero normalmente eso no es problema. Je, je ... posiblemente no le agrade a algunos, pero, podrías ver los DataSet de .NET y crear algo parecido (con "un poco" de trabajo extra), en Java también vendría bien algo así.
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Iniciado por elxavier2009 3) Los frameworks son utiles?. Estuve leyendo un poco acerca de zend que parece interesante, y otro poco sobre cakephp, que parece mas sencillo. Si son utiles, ¿Cúal me recomendarían?.
Todos los frameworks son completamente diferentes, ¿Te parece que Hibernate es útil en Java?. Imagina que cada framework es como Java Server Faces Framework JSF, Struts Framework, Spring Framework, cada uno tiene sus pros y sus contras, y normalmente no sirven exactamente para lo mismo, y algunos no se pueden mezclar con otros. ¿Prefieres hacer una aplicación solamente con servlets o JSP?
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Iniciado por elxavier2009 4.- la diferencia creo, es que la clase Model es la que hace las consultas a la base de datos y no la Controller.
El controller toma los datos del modelo y se lo pasa a la vista.
Eso no es de PHP o Java, son conceptos básicos de MVC.
Se deberían implementar igual en cualquier lenguaje.
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Iniciado por elxavier2009 5)Cual seria el ide mas eficaz para trabajar como POO en PHP
NetBeans!
, Eclipse, Zend Studio, busca uno con el cual puedas hacer 'debug' paso a paso, resulta muy útil.
Saludos,