El tema no está en cómo se nombren los archivos sino en lo que contengan y si son posiblemente "indexables" por los buscadores.
index.php devuelve contenido o sólo tendrá las funciones?
Recuerda que para evitar el contenido duplicado puedes bloquear determinada URL (desde el
robots.txt o
agregando una metaetiqueta) para especificar qué documentos no quieres que sean indexados.