Dónde dejar archivos struts 2 y otros en Tomcat 5.5

[ssh]

Qué pasa si en el IDE creo mi proyecto con una estructura diferente a la que debe ser (classes y lib dentro de WEB-INF), y luego lo exporto en un .war... tomcat reordena todo? estás seguro? Ya he hecho funcionar de las 2 formas la aplicación, con un .war y poniendo los ficheros el los directorios correspondientes y funciona de las 2 formar, pero eso de que tomcat crea y ordena todo lo necesario, no sé si sea tan así... no he hecho la prueba, pero tengo dudas al respecto...