Cita: ...perdon por extenderme tanto.
si hubieras dado muy, pero muy poca informacion, entonces habria que darle vuelta al asunto para entenderte. no te preocupes por ello, lo has hecho bien.
a tu asunto, se supone que la ventana se cierre correctamente. es decir, no has hecho nada que javascript no te permita hacer. ¿te importaria mostrarnos la direccion donde tienes alojada el documento? asi podemos ver que esta sucediendo. o verifica la consola de error para determinar si tu codigo genera algun error. un detalle adicional, el servidor no tiene que ver nada cuando se trata de javascript.