Sí, si el estilo está definido en una hoja externa o entre tags <style></style>, para obtener el valor de una propiedad hay que referirse a los estilos computados (aunque hay otros caminos:
http://www.telefonica.net/web2/blas-mar/leercss.html), a diferencia de cuando se usa el atributo style, ya sea como atributo html o como propiedad javascript de un objeto HTMLElement. Pero esté definido como esté definido el estilo, siempre puede modificarse usando elemento.style.propiedad=valor