Dentro de un comentario condicional puedes alojar lo que quieras, pero siempre respetando el etiquetado y la sintaxis correcta y teniendo en cuenta dónde lo pones (el cc) y lo que puede ri alojado ahí.
Esto es, si colocas el cc en el head, la sensatez indica que no incluirás una página completa para ser mostrada, o si es en el body, no llamarás a una hoja de estilos.
Así que si quieres utilizar un include de php, adelante, pero hazlo correctamente:
Cita: <!--[if lte IE 6]>
<?php include ("pagina.html");?>
<![endif]-->
Y lo mismo para cualquier otro lenguaje/recurso:
Cita: <!--[if lte IE 6]>
<script type='text/javascript'>
... ...
</script>
<![endif]-->
O ir un poco más lejos y "devolverle la pelota a ie" y jugar con
los no-comentarios condicionales 