A mi tambien me pasaba lo mismo, pero busque por internet y suplante los acentos y simbolos especiales por los caracteres especiales de Javascript, algo como poner á en vez de á en HTML:
Tenes q poner \x y luego cualquier caracter de la siguiente lista, que te la pongo en una imagen:
Un ejemplo.
Código:
alert("Atenci\xf3n: A\xf1o de nacimiento incorreto");
Espero que te haya servido, podes ver la imagen?
Saludos.