Edward, hasta la fecha, photoshop no es capaz de trabajar con colores pantone en capas. Tendrás que hacerlo manualmente. Si como dices ya tienes la información del color pantone en un canal, y la información del negro en capas (por lo que aparecerá en el canal negro), solo tienes que comprobar que en el canal del pantone (ocultando los canales cmyk), no se esté creando una reserva.
Entiendo que has trabajado bien el tema del pantone en el canal y que el problema que tienes es la visualización en pantalla. Puede que tengas mal configurado el canal, puedes hacer doble click en el canal y confirmar en las opciones del canal tienes Solidez=0% para visualizarlo bien.
La explicación que te da Rafael es correcta, pero en este caso concreto al utilizar tintas directas no funciona porque el modo de fusión multiplicar afecta a las capas y el pantone no está en una capa.
Me uno a lo de subir minitutoriales y así complemento la respuesta de Rafael.
