Puede serte de ayuda la clase java.text.DecimalFormat. La usarías así:
double numero = 123123.32423423423 //este es el número
DecimalFormat df= new DecimalFormat("#0.00");
String numeroConFormato= df.format(numero);
Si quieres profundizar en el tema, la documentación de Sun es bastante extensa:
http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/...malFormat.html
Saludos, espero sea de ayuda