Bienvenido sonex
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Primero, léete el Quickstart
http://framework.zend.com/docs/quickstart
En resumen, ZF tiene un script en Bash que te generará la estructura sugerida de tu proyecto. Tú solo tienes que crear un enlace simbólico para que esté siempre disponible. El framework puedes tenerlo donde quieras, solo deberás apuntar a el directorio con el include_path. Si lo haces conforme a Quickstart, verás que se sugiere crear un enlace simbólico en un directorio library/ y, si utilizas el código generado por el script en Bash, ya incluye dicho directorio en el index con la función set_include_path().... aunque igual puedes modificarlo desde el php.ini
Lee para que lo entiendas mejor. Un saludo y suerte
