El Grid Control no lo instalé nunca (demasiado caro :) por lo que no tengo experiencia.
El tnsnames.ora si está en $ORACLE_HOME/network/admin de la instalación del servidor de Oracle, el DBCA lo configura correctamente, lo que no hace es leer la variable de entorno $TNS_ADMIN donde puedes definir una ubicación alternativa.
https://ip_maquina:1158/em no te da la opción de elegir una instancia, porque el EM sin el Grid Control solo puede administrar una sola, por eso te comentaba, tendras una URL diferente por cada instancia.
Saludos