Que tal greisy
La información que yo manejo no es tan critica, pero si vos haces una copia de seguridad con el mysqldump redireccionada a un archivo.sql, este se sobreescribe al momento de hacer un nuevo backup. Te quitas el problema de tener muchos archivos.
Una muy buena posibilidad es hacer
backups en caliente para no tener que tumbar el servicio cada que se quiera hacer un backup.
Lo de mirar que cambios se hicieron en la base de datos y solo copiar las nuevas actualizaciones no creo que se pueda (O debe ser una tarea muy difícil.)
Incluso los backups de este foro se realizan todos los días a las 11:30 PM (Hora colombiana) y tarda aprox. 25 minutos.