que no se modifique el codigo fuente

[kseso?]

Podrías, pero serían paños calientes.
Lo que deberías es encontrar y eliminar la forma como te inyecta el código:
Puede ser alguna aplicación de terceros que tengas en tu código: uno de tantos recursos gratuitos, algún js... cualquier cosa.
En estos casos viene bien limpiar tu html de todo lo ajeno. Y ver si aparece.
-->Si no, añade uno a uno esos añadidos (relojes, contadores, js...) y observar.
--> Asegurarte que tu pc no está infectado y la inyección no te la haga al momento de subir por ftp o de crear el html.

Y si te aseguras que el origen no está en ti y tus prácticas, contacta con tu servidor.