Bueno, te diré, para mi no hay mejor programa que otro mas bien es el que mas te acomode, claro que están los mas populares como el 3ds Max, Maya, Cinema4D, etc; que son los favoritos incluso utilizadas por las grandes empresas Cinematográficas (Spireman 3 Fue hecho en una parte con Maya y 3ds Max), pero no por eso son los mejores. Por ejemplo Blender, quizas no están conocido a nivel comercial pero el nivel que tiene frente a otras opciones Comerciales es muy Bueno incluso para Filmes de calidad (vease Elephants Dream).
También hay Softwares para determinadas aplicaciones en el mundo del 3D: Poser y Daz3D para Modelado de Personajes, Bryce para Escenarios, etc.
Saludos