Para resolver tu problema necesitas hacer 2 cosas...
Primero, necesitas modificar el window.open que usas para abrir el popup, deberia quedar algo asi:
Código HTML:
<script type="text/javascript">
tabgoardWindow = window.open("tagboard.htm");
</script> Para Determinar si esta abierto o no tu popup necesitas hacer lo siguiente:
Código HTML:
<script type="text/javascript">
if (tabgoardWindow != null){
//Esta Abierto el POPUP
//Aqui va tu funcion para ocultar tu DIV de tu TAGBOARD
}else{
//Esta Cerrado el POPUP
//Aqui va tu funcion para MOSTRAR tu DIV de tu TAGBOARD
}
</script> Espero sea de utilidad, saludos