El ArrayList es una lista de Object, y String[][] o Integer[][] lo son.
Para recorrer una matriz concreta dentro del ArrayList, la forma más fácil es usando una variable auxiliar y el método get(index):
Código:
Integer[][] m2 = new Integer[2][1];
m2[0][0] = new Integer(57);
m2[1][0] = new Integer(4);
ArrayList arr = new ArrayList();
arr.add(m2);
Integer[][] matriz;
matriz = (Integer[][]) arr.get(0);
for (int i=0; i<matriz.length; i++) {
for (int j=0; j<matriz[i].length; j++) {
System.out.println(matriz[i][j]);
}
}