El ArrayList es una lista de Object, y String[][] o Integer[][] lo son.
 
Para recorrer una matriz concreta dentro del ArrayList, la forma más fácil es usando una variable auxiliar y el método get(index):  
Código:
 		Integer[][] m2 = new Integer[2][1];
		m2[0][0] = new Integer(57);
		m2[1][0] = new Integer(4);
		
		ArrayList arr = new ArrayList();
		arr.add(m2);
		Integer[][] matriz;
		matriz = (Integer[][]) arr.get(0);
		
		for (int i=0; i<matriz.length; i++) {
			for (int j=0; j<matriz[i].length; j++) {
				System.out.println(matriz[i][j]);
			}
		}