Creo recordad que el script "lightbox" tiene problemas para manejar los flash, y de hecho más de un clon de ese js la ventaja que publicitaba era manejar los objetos distintos a imágnes (mp3, flash, vídeo...)
Antes de seguir calentándote la cabeza, verifica ese detalle. Todo será que tengas que cambiar de js.
Aquí tienes una tabla comparativa de ellos:
http://planetozh.com/projects/lightbox-clones/
busca por
clones de lightbox o alguna cadena similar
Un saludo