Lo unico que tienes que hacer es agregar un ID y el runat="server" a la tabla.
Código:
<table id="tblTest" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%" runat="server">
<tr>
<td>
</td>
</tr>
</table>
Y despues en el code begind lo ocultas como cualquier otro control
tblTest.Visible=false;
Saludos