Una solución rápida es que añadas al selector #lightbox un top:10px !important;
Para una solución definitiva, creo que deberás editar el script y buscar dónde le da la medida de top:
Cita: // calculate top and left offset for the lightbox
var arrayPageScroll = document.viewport.getScrollOffsets();
var lightboxTop = arrayPageScroll[1] + (document.viewport.getHeight() / 10);
var lightboxLeft = arrayPageScroll[0];
this.lightbox.setStyle({ top: lightboxTop + 'px', left: lightboxLeft + 'px' }).show();
this.changeImage(imageNum);