Si a todo.
1. Muchos desarrolladores hacen las webs en Joomla u otro CMS y cobran por ello, no hay problema.
2. Aunque no es obligatorio ( no hay ley que te busque y te encarcele ) por derechos de autor y por la licencia es lo correcto mantener la referencia.
3. Joomla es personalizable al 100% solo necesitas el conocimiento necesario y puedes convertirla en lo que tu quieras.