La verdad no entendí del todo bien. Si tenés la URL de tu proyecto en desarrollo, sería bueno verla.
Si querés lograr el header como el de
http://www.bradruggles.com/ fijate su código css, en donde asigna color negro y una imagen que solo se repite una vez. Podés probar quitarle el background-color totalmente o ponerle "background-color:transparent"
Código:
#header {
background-color: #000000;
width: 100%;
background-image: url(images/header-background.jpg);
background-repeat: no-repeat;
background-position: center top;
height: 132px;}
Fijate y contanos.