Cita:
Iniciado por GatorV 
Si esta safe_mode activado, mejor desactivalo ya que causa ese tipo de problemas.
Saludos.
Eso fue lo primero que hice como ves en el primer mensaje en mi configuración de php safe_mode esta en
off.
No puede ser causa del
output_buffering?
He leido que el set_time_limit no afecta a la función de system:
w w w .php-es.com/function.set-time-limit.html
Cita: Nota: La función set_time_limit() y la directiva de configuración max_execution_time solo afectan el tiempo de ejecución del script mismo. Cualquier cantidad de tiempo utilizado en alguna acción que ocurra por fuera de la ejecución del script, tal como llamadas de sistema usando system(), operaciones de secuencias, consultas de bases de datos, etc. no es incluido al determinar el tiempo máximo que el script ha estado corriendo.
Gracias.