Bueno pues me respondo a mi mismo.
Para cerrar el un frame abierto con la fabulosa libreria fancy box es necesario realizar lo siguiente
Poner un Link como este
<a onclick="cierra();"> Cerrar</a></p>
y tener una funcion en Javascript
<script>
function cierra()
{
parent.$.fn.fancybox.close();
}
</script>
De igual manera quiero comentar que si queremos que el Iframe nos redireccione a otra página usamos el siguiente código
<a href="index.php" target="_parent">Cerrar</a>
Saludos espero que les sirva de mucho.