Hola.
si lo que quieres es modificar las tablas de tu bd creo que con un query puedes realizar eso, no estoy seguro pero puedes probar ejecutando en un query una instruccion algo como:
"aletr table 'tabla_x' [add| drop | change ...]"
para mayor informacion consulta el manual de mysql
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/alter-table.html
suerte y cualquier cosa estamos en contacto