después de probar y probar y revisar y revisar.
lo le logrado con:
Código PHP:
<script type="text/javascript" src="<?php echo $this->baseurl; ?>/templates/<?php echo $this->template?>/header/reg/menu.js"></script>
y en el head:
Código PHP:
<script type="text/javascript" src="<?php echo $this->baseurl; ?>/templates/<?php echo $this->template?>/header/reg/stmenu.js"></script>
toda esta probadera ha traido consigo un mayor entendimiento de las url que maneja Joomla, y la forma de utilizarlas.