Hola.
con este codigo puedes marcar todos los checks, solo necesitas hacer el proceso en reversa para lo que quieres
Código HTML:
<script>
function seleccionar_todo(){
for (i=0;i<document.f1.elements.length;i++)
if(document.f1.elements[i].type == "checkbox")
document.f1.elements[i].checked=1
}
</script>
<form name="f1">
Nombre: <input name="nombre" type="text">
<br>
<input name="ch1" type="checkbox"> Opcion 1
<br>
<input name="ch2" type="checkbox"> Opcion 2
<br>
<input name="ch3" type="checkbox"> Opcion 3
<br>
<input name="ch4" type="checkbox"> Opcion 4
<br>
//Otro campo de formulario:
<select name="otro">
<option value="1">Seleccion 1
</option><option value="2">Seleccion 2
</option></select>
<br>
<input type="submit">
<br>
<br>
<a href="javascript:seleccionar_todo()">Marcar todos</a> suerte