Cita:
Iniciado por zreep 
(...) en windows uno instala por ejemplo el teamweaver y lleva el acceso directo a la carpeta inicio para que inicie junto con el sistema (...)
No, error. Lo que está en la carpeta "inicio" no se inicia con el sistema, sino con la sesión de usuario. Si arrancas el equipo pero no inicias sesión de usuario, lo que está en la carpeta "inicio" no arrancará.
Hay circunstancias en las que querrás que un programa arranque sin necesidad de haber iniciado una sesión de usuario. Por ejemplo, en la oficina tenemos un servidor con Windows Server 2003 en el que se ejecutan al menos tres aplicaciones de manera independiente a la sesión de usuario: el software de VPN (para acceder a los recursos de la oficina desde localizaciones externas), el software de escritorio remoto (para poder utilizar el servidor de manera gráfica desde cualquier otro PC, para así ahorrarnos ponerle un monitor), y un programa de Hacienda que sirve para gestionar de manera centralizada todas las declaraciones fiscales de los clientes. Si metiéramos estas tres aplicaciones en la carpeta "inicio", no nos serviría.