Tienes que manejar el archivo HOST .. y crear servidores virtuales en Apache que serán los que se encargen de "redireccionar" cada sub-dominio al Document Root q especifiques en cada uno.
Aquí tienes un tutorial sobre eso en las FAQ's del foro PHP.
http://www.forosdelweb.com/showthrea...159#post293159
Un saludo,